日本时间2月28日，美国和以色列宣布已对伊朗实施攻击,伊朗最高领袖阿里·哈梅内伊在袭击中身亡，而从最近的日本的反应看，日本已不像近些年来，在以色列袭击伊朗的问题上，敢于谴责以色列，而是转为一味批判伊朗，逢迎美国。
高市早苗首相在日本时间3月3日的众议院预算委员会上，就美以两军对伊朗发动攻击一事，拒绝对美以两军的攻击是否违反国际法做出判断。在3月6日与正在访日的加拿大总理马克·卡尼举行日加首脑会谈时，她表示：鉴于伊朗的攻击已波及周边国家的民用设施和外交设施等，并且伊朗还封锁了霍尔木兹海峡，导致包括周边海域在内出现损害，日本方面对此予以谴责。
但是以往日本却不是这样的，2025年6月13日，以色列军方轰炸了伊朗境内数十个目标，包括核设施、弹道导弹工厂和发射台，造成军事指挥官和科学家死亡。以色列声称，发动“崛起雄狮”行动是为了消除伊朗对其生存构成的“威胁”。
当时的日本首相石破茂在日本时间2025年6月13日对此表示“绝对无法容忍”，他向记者们表达了日本的立场：强烈谴责以色列的这次攻击行动。他说：“当前正值努力持续推进通过外交手段和平解决伊朗核问题之际，以色列却动用了军事手段，这是绝对无法容忍的行为。对此感到极为遗憾，并强烈谴责此次行动。”
当时的外务大臣岩屋毅代表日本政府当天发表谈话称“绝对无法容忍，极为遗憾”，对以色列进行了谴责。
而6月17日，七国集团在加拿大举行的会议上发表联合声明，表示：“我们确认以色列有权自卫。我们一直表明，伊朗绝不能拥有核武器。”
石破茂首相该年6月19日在与朝野各党党首会谈中，说明了日本政府对伊朗与以色列军事冲突的立场。对于有人指出岩屋毅外相的发言与七国集团（G7）峰会的联合声明存在分歧的问题，石破茂表示：“外相的发言就是日本政府的立场。G7是G7。”
而在2025年6月21日，美军对伊朗地下关键核设施发动大规模精确打击，宣告美国正式介入并扩大此次冲突。
美国攻击伊朗后，和伊朗具有良好关系的日本处于无法明确表态的处境，石破首相原计划作为印太地区的合作伙伴国代表，于2025年6月24日至26日访问荷兰海牙，与北约秘书长吕特等人举行会谈。在北约首脑会议期间，若美国总统特朗普出席，石破首相原计划寻求单独接触的机会，以推动日美关税谈判的进展，但是最终没有出席这次会议，也许是在美国袭击伊朗后，感到如果出席峰会，可能会遭到美国等逼其明确“选边站”，因此不如不去，也可能是用不出席的方式表示“不与美国等同流合污”的姿态。
日本与伊朗无论在历史上还是在现实中，都一直保持着良好的关系，至少从7世纪开始，日本人就知道现在的伊朗所直接传承的古波斯帝国。古波斯帝国曾是横跨亚非欧的强大帝国，创造了灿烂文明。波斯和日本的贸易联系，可以追溯到丝绸之路时代，日本是丝绸之路的终点，在8世纪建成的奈良的正仓院中，至今仍保存着当时传到日本的古波斯文物。
1929年8月，日本在伊朗设立公使馆（建立外交关系），1930年7月，伊朗在日本设立公使馆。1942年4月，受第二次世界大战影响，双方外交关系中断。1953年11月，外交关系恢复。1955年2月，日本驻伊朗机构升格为大使馆。在巴列维王朝时期，1958年5月，穆罕默德·礼萨·巴列维国王访问日本；1960年11月，日本皇太子夫妇访问伊朗。此外，1978年9月，日本首相福田赳夫访问伊朗，双方交流活跃。
1979年伊斯兰革命建立现行体制后，日本仍基于与伊朗的传统友好关系继续扩大双边关系。2000年10月底，哈塔米总统访问日本。2019年6月，安倍晋三作为日本首相时隔41年访问伊朗。2019年12月，鲁哈尼总统作为伊朗总统时隔19年访问日本。
2019年，为纪念日伊建交90周年，双方举行了隆重的纪念活动。
日本重视与伊朗的关系，也有经济上的理由。日本90%以上的原油进口依赖中东，而连接这一“石油通道”的关键要冲正是面向伊朗的霍尔木兹海峡。据称，2024年，全球每日平均约2000万桶原油通过霍尔木兹海峡运输，相当于全球消费量的约20%，日本在2023年石油进口中约74%经由霍尔木兹海峡运输，海峡如被封锁，其影响将非常严重，因此日本一直保持和伊朗的良好关系，但是现在美国和以色列已捆绑在一起，涉及美国时，日本不敢说“不”，高市早苗和石破茂比起来，身段显得更软。
